單細胞測序樣本制備儀，基于Drop-seq技術*，完成高通量的單細胞mRNA 3’端測序。
已經對數千個線粒體基因組進行了測序，但可用的線粒體轉錄組相對較少。這可能很快就會改變。高通量RNA測序(RNA-Seq)技術使得生成大量線粒體轉錄組數據變得快速而廉價。在這里，我們探索RNA-Seq用于組裝線粒體基因組和研究它們的表達模式的效用。
具體來說，西安大略大學的研究人員研究了Polytomella非光合作用綠藻的線粒體轉錄組，減少的線粒體基因組以及片段化的rRNA編碼區(qū)，回文基因和線性染色體。端粒。從四種已知的Polytomella物種中分離全基因組RNA，然后進行Illumina配對末端測序，產生足夠的線粒體衍生的讀數，以容易地恢復幾乎整個線粒體基因組序列。讀取映射和覆蓋統(tǒng)計數據還提供了對Polytomella線粒體轉錄結構的了解，揭示了多順反子轉錄本以及端粒和回文基因的表達。
A.四種已知的Polytomella譜系的線粒體基因組圖譜。所有四個基因組都由具有末端反向重復(TIR)端粒的線性染色體(chr)組成，并含有10個獨特的基因，包括小的和大的亞基rRNA(SSU和LSU)基因，它們被分段并亂成4和分別是8個基因座。P. magna mtDNA含有10個回文重復序列(盒裝為深色或淺灰色，并標有黑色圓圈)，其中含有推定的功能性(綠色)和推定的非功能性基因拷貝(白色)。RNA-Seq數據中表示的區(qū)域以藍色突出顯示。從實體轉錄組裝配鑒定的線粒體重疊群用實線顯示。B.基于Smith等人的系統(tǒng)發(fā)育分析，Polytomella藻類和萊茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)的樹木。(2013)。C.來自P. capuana的單鏈(ss)發(fā)夾環(huán)端粒的轉錄。
該研究的主要目的是評估RNA-Seq用于恢復線粒體基因組序列的效用。在這方面，研究人員獲得了成功：來自Polytomella物種的適量RNA-Seq數據很容易得到接近完整的線粒體基因組組裝。Polytomella線粒體染色體的小尺寸和多順反子轉錄組織無疑促進了它們從RNA數據中的有效回收。盡管如此，他們認為這里采用的方法可用于產生來自其他真核物種的細胞器基因組序列，包括那些mtDNA比Polytomella spp 更大的細胞。
RNA-Seq是一種用于研究線粒體遺傳學的有前途的，具有成本效益的技術，但它確實存在缺陷。如圖所示，其潛力之一是它可用于產生近乎完整的線粒體基因組序列，這在缺乏可用的mtDNA數據的情況下特別有用。
