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基于RNA-seq譜分析擬南芥發(fā)育轉(zhuǎn)錄組的高分辨率圖
行業(yè)新聞 2018-12-21

  擬南芥(Arabidopsis thaliana)是植物分子生物學(xué),遺傳學(xué)和基因組學(xué)的長(zhǎng)期建立的模式物種,并且擬南芥基因功能的研究為制定假設(shè)和設(shè)計(jì)涉及其他植物(包括經(jīng)濟(jì)上重要的物種)的實(shí)驗(yàn)提供了基礎(chǔ)。因此,了解擬南芥基因組以及對(duì)其相關(guān)基因表達(dá)的詳細(xì)和準(zhǔn)確理解對(duì)于基礎(chǔ)研究和實(shí)際應(yīng)用都非常重要。這一目標(biāo)依賴于新的遺傳和基因組資源的開發(fā),涉及新的數(shù)據(jù)采集和分析方法。

基于RNA-seq譜分析擬南芥發(fā)育轉(zhuǎn)錄組的高分辨率圖譜

  來(lái)自俄羅斯科學(xué)院的研究人員使用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在這里展示了不同器官和發(fā)育階段的A.thaliana基因表達(dá)譜的全基因組分析。在79個(gè)器官和發(fā)育階段評(píng)估了25,706個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因的表達(dá),以及它們的穩(wěn)定性和它們的時(shí)空特異性。尋找可變剪接事件確定了37,873個(gè)先前未報(bào)告的剪接點(diǎn),其中約30%發(fā)生在基因間區(qū)域。這些可能代表TAIR10數(shù)據(jù)庫(kù)中未包含的新型剪接基因。

  可用性 - 這些數(shù)據(jù)存放在基于網(wǎng)絡(luò)的開放式數(shù)據(jù)庫(kù)中,TraVA,可以顯示和分析基因表達(dá)譜和器官與發(fā)育階段之間的差異基因表達(dá)。

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